根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号），国家税务总局为了方便纳税人，简化土地增值税预征税款的计算方法，对房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目进行了规定。
首先，房地产开发企业可以按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。这一计算公式可以帮助纳税人快速准确地计算出土地增值税预征计征依据，从而更好地履行纳税义务。
其次，对于房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，国家税务总局还提供了一些具体的操作指引。例如，纳税人应当按照规定的时间和程序向税务机关申报预收款，并提供相关证明材料。同时，纳税人还应当按照规定的税率和计税方法计算应预缴的增值税税款，并及时缴纳。
此外，国家税务总局还强调了纳税人在计算土地增值税预征计征依据时需要注意的一些事项。例如，纳税人应当确保预收款的真实性和合法性，不得虚报或隐瞒预收款金额。同时，纳税人还应当按照规定的程序和要求进行纳税申报，确保纳税信息的准确性和完整性。
总之，国家税务总局通过发布《关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》，为房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目提供了明确的计算方法和操作指引。纳税人应当按照规定的要求进行纳税申报和缴纳，以确保纳税义务的履行和税收征管的顺利进行。
