纳税人在按差额缴纳增值税时，需要提交相关资料备案。根据国家税务总局网站提供的信息，差额纳税的纳税人在申报增值税时需要准备以下资料：
首先，对于销售服务、不动产和无形资产的情况，纳税人需要确定销售额。在确定销售额时，应按照相关规定从取得的全部价款和价外费用中扣除价款。此外，纳税人还应报送符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证及清单。
其次，对于纳税人销售服务、不动产和无形资产的情况，除了要确定销售额并扣除相关费用外，还需要准备符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证及清单。这些有效凭证和清单应与销售额的确定和扣除相关费用相一致，以确保纳税申报的准确性和合规性。
最后，对于差额纳税的纳税人来说，提交相关资料备案是非常重要的。通过备案，纳税人可以确保自己的纳税行为符合相关法规和规定，避免因纳税问题而引发的风险和纠纷。因此，纳税人在申报增值税时应认真履行备案义务，确保纳税过程的顺利进行。
总之，纳税人按差额缴纳增值税时，需要提交相关资料备案。这包括确定销售额并扣除相关费用，以及准备符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证及清单。通过备案，纳税人可以确保自己的纳税行为合规，避免潜在的风险和纠纷。
