专项产资金支出在会计处理上需要分步进行。首先，当企业收到拨款时，会做以下会计分录： 借：银行存款； 贷：专项应付款—项目。
这一环节的收款处理通常没有问题。然而，关键在于专项拨款实际使用时的会计处理，可能因各个企业而异。有些企业甚至会通过一笔分录将专项拨款冲销： 借：专项应付款—项目； 贷：管理费用—科研费。
其次，当专项研究项目需要购置仪器设备等固定资产时，会进行以下会计处理： 借：固定资产； 贷：银行存款。 同时，还需要做另一笔分录： 借：专项应付款—项目； 贷：资本公积。
无论是在专项研究项目进行之中还是在项目完成之后，该固定资产的折旧都应视同公司日常生产经营用固定资产折旧政策处理。而对于专项研究中形成的产品，会计处理如下： 借：存货； 贷：资本公积。
