代扣专利所得税的账务处理方式如下：
首先，当公司代扣专利所得税时，需要将该款项记入应付账款。具体来说，借方应为“应付账款—某某单位”，表示公司欠某单位的专利所得税金额。贷方应为“银行存款—某某银行”，表示公司通过该银行的账户支付了专利所得税。同时，应交税费中的企业所得税也需要相应增加，即借方为“应交税费—企业所得税”。
其次，当公司代缴专利所得税时，需要将该款项从应交税费中扣除。具体来说，借方应为“应交税费—企业所得税”，表示公司需要向税务机关缴纳的专利所得税金额。贷方应为“银行存款”，表示公司通过银行账户实际支付了专利所得税。
以上是代扣专利所得税和代缴专利所得税时的账务处理方式。需要注意的是，在进行这些操作时，公司需要根据具体情况进行相应的会计分录，并确保准确记录账务信息。
