小规模纳税人单位在申请代开发票时，需要按照一定的账务处理方式进行操作。首先，当申请代开发票时，会计分录为：
借：银行存款等科目 贷：主营业务收入 应交税费—应交增值税
这里的银行存款等科目是指单位收到代开发票的款项，主营业务收入是指单位通过代开发票所获得的收入，应交税费—应交增值税是指单位需要缴纳的增值税。
其次，对于代开发票所缴纳的增值税，会计分录为：
借：应交税费—应交增值税 贷：银行存款
这里的应交税费—应交增值税是指单位需要缴纳的增值税金额，银行存款是指单位用于支付增值税的款项。
通过以上账务处理，小规模纳税人单位可以准确记录和核算代开发票的收入和增值税缴纳情况。这样的处理方式有助于单位遵守税法规定，确保财务数据的准确性和合规性。同时，这也为税务部门提供了准确的纳税信息，促进了税收征管的规范化和高效化。
