根据财税[2006]107号文件的规定，企业与学校签订的实习合作协议期限在三年以上（含三年）的情况下，如果协议未满三年就停止履行，主管税务机关将对已享受税前扣除实习生报酬税收政策的企业进行调增应纳税所得额的处理。这意味着企业需要补征企业所得税，并依法加收滞纳金。
然而，对于因企业主体消亡或学校撤销等客观原因导致未满三年停止履行协议的情况，不再补征企业所得税和加收滞纳金。这是因为这些情况属于不可抗力因素，企业并无主观意愿终止实习合作协议。
这项规定的目的是确保企业与学校之间的实习合作协议得到充分履行。通过要求企业在实习合作协议期满之前不得提前终止协议，可以保障实习生的权益，同时也维护了学校的正常教学秩序。
此外，这项规定还对主管税务机关提出了明确的要求。一旦发现企业提前终止实习合作协议，主管税务机关有责任对企业进行调增应纳税所得额的处理，并要求企业补征企业所得税和加收滞纳金。这样的处理措施有助于维护税收秩序，确保企业按照法律规定履行相应的纳税义务。
总之，财税[2006]107号文件对于企业与学校实习合作协议的履行期限做出了明确规定。对于未满三年就停止履行协议的情况，企业需要补征企业所得税和加收滞纳金；而对于因客观原因导致未满三年停止履行协议的情况，不再补征企业所得税和加收滞纳金。这一规定旨在保障实习生权益和维护税收秩序。
