国家税务总局发布了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号），其中详细规定了汇总纳税企业应遵循的税收管理原则。
首先，该办法强调“统一计算”的重要性，即由总机构负责计算包括所有不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额和应缴税款。
其次，“分级管理”意味着总机构及其分支机构所在地的税务机关均承担对各自辖区内企业的税务管理职责，确保双方能够有效合作。
第三点是“就地预缴”，要求总机构与分支机构根据本方法的规定，按月或季度向当地税务机关申报并预缴企业所得税。
第四项为“汇总清算”，在年度结束后，总机构需重新核算整个企业的年度应纳税所得额及所得税额，并根据已预缴金额进行多退少补。
最后一条是关于“财政调库”，财政部将定期调整与地方国库之间的企业所得税待分配收入比例。
此外，第四条还特别指出，对于具备主体生产经营职能的二级分支机构来说，它们需要在当地直接分摊缴纳企业所得税。
而第五条则列出了几类特殊情况下不需要执行上述规定的二级分支结构： - 那些主要从事产品售后服务、内部研发等工作而不直接参与生产销售活动的； - 上年度被认定为小型微利企业的； - 新设立且未满一年的； - 当年内被撤销注销的； - 以及在中国境外设立但不具法人资格的二级分支机构。
