国家税务总局发布了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号），该办法详细规定了企业所得税的征收管理方式。
第三条明确了汇总纳税企业的税收管理方法，包括“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”。具体而言：
（一）统一计算意味着总机构负责计算包括所有不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额和应纳税额。
（二）分级管理则要求总机构及其分支机构所在地的税务机关分别承担对当地机构的企业所得税管理责任。
（三）就地预缴规定总机构和分支机构必须按照本办法的规定，分月或分季向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
（四）汇总清算是指在年度结束后，由总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额和应纳所得税额，并进行多退少补。
（五）财政调库是指财政部定期将汇总纳税企业所得税待分配收入从国库调整至地方国库。
第四条进一步规定了总机构和二级分支机构的税收缴纳方式。二级分支机构指的是依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等进行直接统一核算和管理的分支机构。
第五条列出了不就地分摊缴纳企业所得税的二级分支机构类型，包括：
（一）不具有主体生产经营职能的内部辅助性二级分支机构，如产品售后服务、内部研发、仓储等；
（二）上年度认定为小型微利企业的二级分支机构；
（三）新设立的二级分支机构，在设立当年不就地分摊缴纳企业所得税；
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日起所属企业所得税预缴期间不就地分摊缴纳企业所得税；
（五）在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构。
