《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）明确指出，企业在进行债务重组时，其税务处理应遵循以下原则：
1. 当企业通过非货币资产来清偿债务时，该行为应当被分解为两个独立的交易环节：一是转让相关非货币性资产，二是按照这些非货币性资产的公允价值来清偿债务。在此过程中，需要确认由此产生的所得或损失。 2. 在债权转为股权的情况下，同样地，这应该被视为包括两项主要活动：首先是完成债务的清偿，其次是进行股权投资。对于这一转变所产生的任何收益或损失也需要进行相应的确认。 3. 如果支付给债权人的金额低于原债务账面价值之间的差额较大，则债务人将据此计算出一笔额外的“债务重组收益”。相反地，如果债权人收到的钱少于他们预期从该笔贷款中获得的利益，那么他们就会产生所谓的“债务重组损失”。 4. 此外，还强调了一点非常重要——即除非特别说明外，债务人原有的所得税义务通常不会因为这次重组而发生改变。
针对某些特殊情况下的处理方式也被详细规定了出来。比如，当某次债务重组活动中确认的应纳税所得额占到了整个公司年度总应纳税所得额的一半以上时，这部分额外收入可以在接下来五年内平均分配到各个会计年度中去申报缴纳。
另外值得注意的是，在涉及债权转股权的具体操作中，暂时不会立即反映任何与上述两种形式相关的直接财务影响；而是会将新设立的股权项目基于原有债权基础上的价值来进行估值。同时保证除了这一点之外，其余所有正常的税收申报流程保持不变。
最后，根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号），一旦达成正式协议并开始执行后，就应当立即认定此次交易已经完成，并且相应地调整相关方的财务状况报告。
