《企业所得税法》第八条明确指出，企业在实际运营中产生的与收入相关的合理支出，如成本、费用、税费、损失以及其他必要支出，均可在计算应纳税所得额时予以扣除。
进一步地，第五十条第二款规定，对于在中国境内设立但不具备法人资格的营业机构，居民企业需对这些分支机构的收入和支出进行汇总，并统一缴纳企业所得税。
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）的第四条，“统一计算”指的是由企业的总机构负责计算其所有不具有法人资格的营业机构及场所的应纳税所得额和应纳税额。
基于上述法规，总机构将负责计算包括二级分支机构在内的全部应纳税所得额和应纳税额。因此，如果非独立核算的二级分支机构发生了与取得收入相关的修理费，这些费用是允许在总机构的税前扣除的。
