根据《中华人民共和国企业所得税法》的相关规定，外国公司在中国境内获得的专利使用费需要缴纳所得税。
非居民企业的定义包括：依照外国（地区）法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的；或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。对于这类企业，如果其在中国境内未设立机构、场所，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
具体来说，《中华人民共和国企业所得税法》第三十七条规定，对非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。这意味着，与你公司有业务往来的该外国公司属于在中国境内未设立机构、场所的非居民企业，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
此外，《企业所得税法实施条例》进一步明确了支付人的概念，即指依照有关法律规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人。因此，在处理与外国公司的专利使用费交易时，务必注意相关税务规定，确保合法合规地履行扣缴义务。
