股权收购的税务处理可以分为一般性税务处理和特殊性税务处理两大类。根据财税[2009]59号文的规定，企业进行股权收购重组交易时，除了符合特殊性税务处理规定的外，应采用一般的税务处理规定。
一般性税务处理规定主要包括以下几点： 1. 被收购方需要确认股权或资产转让所得或损失。 2. 收购方取得的股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。 3. 被收购企业的所得税事项原则上保持不变。
在一般性税务处理中，具体涉及以下所得税问题： - 收购企业支付对价涉及的所得税处理。当收购企业支付的对价包括固定资产、无形资产等非货币资产时，虽然财税〔2009〕59号文未明确规定应确认所涉及非货币资产的转让所得或损失，但由于资产的所有权属发生了变化，收购企业应按税法规定确认资产的转让所得或损失。 - 取得被收购企业股权计税基础的确定。由于收购企业支付的对价无论是股权支付，还是非股权支付均是按公允价值支付的，因此按照所得税的对等理论，依据财税〔2009〕59号文的规定，收购企业应按公允价值确定被收购企业股权的计税基础。
被收购企业股东涉及的所得税处理包括： - 放弃被收购企业股权涉及的所得税处理。股权收购过程中，被收购企业股东放弃被收购企业股权而取得收购企业支付的股权和非股权，其实质应分解为两项业务，即先转让被收购企业股权，然后再以转让收入购买股权或非股权支付，因此依据财税〔2009〕59号文的规定，被收购企业股东应确认股权转让所得或损失。 - 取得股权支付和非股权支付计税基础的处理。由于被收购企业股东确认了放弃被收购企业股权的转让所得或损失，因此按照所得税的对等理论，对其取得的股权支付和非股权支付均应按公允价值确定计税基础。
特殊性税务处理规定则适用于同时满足以下条件的股权收购： 1. 具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的； 2. 收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%； 3. 收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%； 4. 企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动； 5. 企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
符合特殊性税务处理条件的股权收购，具体涉及以下所得税问题： - 收购企业支付对价涉及的所得税处理。收购企业支付非股权对价涉及的所得税问题，同前面所述一般性税务处理规定。这里应注意的是，财税〔2009〕59号文规定的特殊性税务处理，不仅涉及股权支付应如何进行所得税处理，还涉及收购企业支付非股权对价的所得税处理，但无论是一般性税务处理还是特殊性税务处理，凡收购企业支付对价涉及非股权等其他非货币性资产的，均应按税法规定确认其转让所得或损失。 - 取得被收购企业股权计税基础的确定。由于符合特殊性税务处理条件的股权收购业务，被收购企业股东可暂不确认股权转让所得或损失。因此，按照所得税的对等理论，依据财税〔2009〕59号文的规定，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
