《国家税务总局所得税管理司关于合并缴纳企业所得税政策执行问题的函》（所便函[2008]27号）明确，《企业所得税法》第五十二条规定：“除国务院另有规定外，企业之间不得合并缴纳企业所得税”。在国务院对企业合并缴纳企业所得税政策尚未作出规定前，原经国家税务局批准实行合并缴纳企业所得税的企业，暂按原规定继续执行。
《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第二条规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格的营业机构、场所（以下简称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业（以下简称企业），除另有规定外，适用本办法。
总分机构的汇总缴纳是按同一法人主体进行统一计算企业所得税，只是在季度时分支机构需要按照国税发[2008]28号文件中相关规定在所在地进行预缴企业所得税，但这部分预缴的企业所得税可以在年终与总机构统一汇算时抵减总机构应缴企业所得税。
根据以上规定，汇总缴纳适用于总分企业之间纳税；合并缴纳适用于母子公司之间纳税。只要是总企业、分企业关系，可直接按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》规定，实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的企业所得税征收管理办法计算缴纳税款。而母子公司之间实现合并纳税，必须经国务院批准。
