电子联行在操作过程中使用的会计凭证主要分为三种：
1. 电子联行转汇借(贷)方清单。这种清单分为三联。第一联作为发报依据，由发报行的录入员使用，通过电子计算机发送至转发行；第二联是记账联，用于发报行与汇出行往来科目的记账凭证；第三联为回单，发报行需在此联加盖转讫章后退还给汇出行。
2. 电子联行往账借(贷)方清单。此清单设有两联。第一联由发报行用作汇出行往来科目的记账凭证附件；第二联则是发报行用来制作电子联行往账卡片的依据。
3. 电子联行来账借(贷)方清单。该清单也分为三联。第一联收报行将其作为电子联行来账卡片使用；第二联收报行用它来作为与汇入行往来科目的记账凭证的附件；第三联则在收报行加盖转讫章后，交给汇入行。
