基本医疗保险统筹基金结余，即基本医疗保险统筹基金收支相抵后的滚存结余。为了准确反映基本医疗保险统筹基金的结余情况，会计核算上应设置“基本医疗保险统筹基金”科目。
在期末结转基本医疗保险统筹基金收入时，需要借记“基本医疗保险统筹基金收入”科目，贷记“基本医疗保险统筹基金”科目；而在期末结转基本医疗保险统筹基金支出时，则需要借记“基本医疗保险统筹基金”科目，贷记“基本医疗保险统筹基金支出”科目。
