国库集中支付业务的账务处理流程如下：
事业单位在处理国库集中支付业务时，需要设置以下科目：“财政补助收入”、“零余额账户用款额度”和“财政应返还额度”。这些科目用于核算与国库集中支付相关的财务活动。
1. 财政直接支付方式
(1) 当收到“财政直接支付入账通知书”时，会计分录为：借记“事业支出等”，贷记“财政补助收入”。
(2) 年度终了，根据本年度财政直接支付预算指标数与当年实际支出数的差额，进行会计处理：借记“财政应返还额度——财政直接支付”，贷记“财政补助收入”。
(3) 下年度恢复财政直接支付额度后，如果以财政直接支付方式发生实际支出，会计分录为：借记“事业支出等”，贷记“财政应返还额度——财政直接支付”。【提示】恢复财政直接支付额度时不进行会计处理，只有在发生实际支出时才进行会计处理。
2. 财政授权支付方式
(1) 收到代理银行盖章的“授权支付到账通知书”时，会计分录为：借记“零余额账户用款额度”，贷记“财政补助收入”。
(2) 按规定支用额度时，会计分录为：借记“事业支出等”，贷记“零余额账户用款额度”。
(3) 年度终了，依据代理银行提供的对账单为注销额度时，会计分录为：借记“财政应返还额度——财政授权支付”，贷记“零余额账户用款额度”。
(4) 下年初恢复额度时，会计分录为：借记“零余额账户用款额度”，贷记“财政应返还额度——财政授权支付”。
(5) 如果财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，需要进行以下会计处理：
① 年度终了，根据未下达的用款额度，会计分录为：借记“财政应返还额度——财政授权支付”，贷记“财政补助收入”。
② 下年度收到财政部门批复的上年末未下达零余额账户用款额度时，会计分录为：借记“零余额账户用款额度”，贷记“财政应返还额度——财政授权支付”。
