根据《关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告》：
第六条：对于跨地区经营的企业，其企业所得税的汇总计算遵循《企业所得税法》的规定。这一规定涉及预缴税款以及汇算清缴时应缴或退还的税款。具体而言，这些税款的50%需要在各分支机构之间进行分摊。每个分支机构需根据其分得的税款份额，在所在地办理相应的税款入库或退税手续。
其中，剩余的50%由总机构负责缴纳。这部分税款中，有25%需要在总机构所在地办理缴库或退库，而另外25%则直接全额缴入国库或执行退库程序。具体的操作流程需依照财预〔2012〕40号文件第五条以及其他相关规定来执行。
第八条：总机构有责任在其企业应纳所得税额中的50%部分，于每月或每季度结束后的15日内，在总机构所在地申报并预缴这部分税款。至于另外50%的部分，总机构需要按照各分支机构应分摊的比例进行分配，并及时将此信息通知给所有分支机构。各分支机构同样需要在每月或每季度结束后的15日内，就其分摊到的所得税额进行申报并预缴。
若分支机构未能按照预定的税款分配数额进行预缴，导致实际缴纳的税款少于应缴税款，主管税务机关将依据《征收管理法》的相关规定对其进行处罚，并将处罚结果通报给总机构所在地的主管税务机关。
