小规模纳税人在进行附加税申报时，需遵循以下步骤：首先，企业应指定税务登记人员登陆电子税务局系统。在主界面上，找到并点击“税费申报及缴纳”选项，接着选择与本次申报相对应的税种。选定后，点击进入填写申报表页面。在此过程中，务必仔细核对税款所属的时间段，并准确输入当月应缴的增值税及其他相关流转税的具体金额。此外，还需填写经办人的姓名及其身份证号码以确保信息完整无误。完成以上所有信息的录入后，点击“申报”按钮提交申请；一旦申报成功，便可以继续操作进行扣款处理。最后，确认无误后点击“确定”，即可顺利完成整个附加税的申报流程。
