在处理费用报销时，如果涉及到增值税专用发票的作废情况，应将该发票的记账联和抵扣联返还给销售方。随后，销售方会出具相应的蓝字发票以替换原作废发票。
具体会计分录如下：
借记管理费用、销售费用等科目；
同时贷记银行存款等相关账户。
对于福利费等特定类型的支出，由于其进项税额不能从销项税额中扣除，因此需要在价税合计的基础上全额计入相应费用项目内，而无需单独设立“应交税费-应交增值税-进项税额”这一科目进行核算。
