依据税务部门的相关条例，当企业从农业生产者处采购农产品时，其进项税额需根据购货发票上标明的购买价格及9%的抵扣率进行计算。若这些农产品被用于生产税率为13%的产品，则在领用当期可以额外加计扣除1%的进项税，从而使得实际的扣除率达到了10%。不过，国务院若有特别规定，将不适用此规则。
进项税额的具体计算公式为：进项税额 = 买价 × 扣除率。
需要特别注意的是，对于试点纳税人而言，在进行纳税申报时，必须将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”的总计数值填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》的第6栏“税额”部分，而无需填写第6栏中的“份数”和“金额”信息。
