电子税务局出口退税管理模块的操作流程包括企业提交申报资料及电子数据、税局受理、审核、复审、核准以及人行国库办理退库手续。
在完成这些步骤之后，出口退税子系统需要进行以下操作：
一、出口企业办理出口退税网上交单操作流程：
（一）出口报关单电子数据提交：指出口企业通过本系统向税务局提交出口退税申报所需的出口货物报关单（出口退税专用联）电子数据。其他单据如专用税票、核销单等数据暂不通过本系统提交，提交时间另行通知。操作步骤如下：
1.用户登录本系统，选择“单据提交”功能，系统自动提取该企业未申报退税的出口货物报关单（出口退税专用联）电子底帐数据。
2.用户点击列表中的单证号码，可查阅相应单证的详细数据。
3.用户选择并点击准备提交的数据，使用“选择提交”功能，即可完成向税务局的单据提交任务。
4.用户也可使用“批量提交”功能将相关数据集中提交税务局。
（二）结关信息查询：指海关在出口货物实际离境即结关后，通过本系统向出口企业发布结关信息，通知企业已结关货物的报关单编号。企业可通过网络查询该信息，并及时到海关申领、打印出口货物报关单（出口退税专用联）。操作步骤如下：
1.用户登录本系统，选择“结关信息查询”功能，系统将显示该企业已结关货物的报关单编号、结关日期、申报地海关等信息。
2.用户点击页面右上角打印按钮，可打印出该页结关信息列表。
二、出口企业应用数据完成退税申报操作流程：出口企业首先将从中国电子口岸“出口退税子系统”下载的报关单数据使用电子口岸IC卡解密后读入到出口退税申报系统中，然后在出口退税申报系统中进行应用处理，形成可向税务机关报送的电子申报数据。
