教育附加费的计算方法如下：
一、计费依据：以纳税人实际缴纳的增值税、消费税、营业税的税额为计费依据。
二、计算公式：应纳教育费附加=（实际缴纳的增值税、消费税、营业税三税税额）×3%，
根据财税〔2005〕25号规定，自2005年1月1日起，就生产企业出口货物全面实行免抵退税办法后，经国家税务局正式审核批准的当期免抵的增值税税额应纳入城市维护建设税和教育费附加的计征范围，分别按规定的税（费）率征收城市维护建设税和教育费附加。2005年1月1日前，已按免抵的增值税税额征收的城市维护建设税和教育费附加不再退还，未征的不再补征。所以公式中的增值税部分还应加上生产企业出口货物实行免抵退税办法产生的免抵税额；如果当期有免抵税额，一般在生产企业免抵退汇总表中会有体现。实行免抵退的生产企业的教育费附加计算公式应为：应纳教育费附加=（增值税应纳税额 当期免抵税额 消费税 营业税税额）*3%。
