现行企业所得税制度采用法人所得税制，按照立法本意，法人企业为纳税义务人。对于在中国境内设立的不具有法人资格的营业机构，应汇总计算并缴纳企业所得税。然而，由于我国实行“分灶吃饭”的财政体制，企业所得税统一在总机构所在地申报缴纳，这影响了地方政府的经济利益，也不利于调动地方政府发展的积极性。为了解决法人课税制度与分税制财税管理体制的不兼容问题，在遵循《中华人民共和国企业所得税法》所确定的法人所得税制的基础上，要求分支机构就地预缴企业所得税，并采取一定的财政调库措施。根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）和《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函〔2010〕156号）等有关规定，建筑施工企业跨地区经营缴纳企业所得税区分以下四种情况：
一、总部直接管理跨省、自治区、直辖市和计划单列市的项目，统一按照经营收入的0.2%就地预缴企业所得税。建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。以上跨地区设立的项目部，仅指建筑企业跨省、自治区、直辖市和计划单列市设立的不具有二级分支机构条件的项目部，且也不属于二级或二级以下分支机构直接管理的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等）。也就是说，建筑企业跨区施工不构成分支机构，尽管由总机构统一汇算清缴，但要在项目所在地应预缴企业所得税，缴纳方式可以按照项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部就地预缴企业所得税应当提供《跨区域涉税事项报告表》，未提供上述证明的，项目部所在地主管税务机关应督促其限期补办；不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。
二、跨省、自治区、直辖市和计划单列市设立的二级分支机构直接组织施工项目，实行总公司提供企业所得税“分配表”就地预缴企业所得税。企业跨地区设立不具有法人资格的二级分支机构，应当根据总机构提供的分支机构企业所得税分配表所确定的金额就地预缴企业所得税。但以总机构名义进行生产经营的二级分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行分支机构跨地区经营汇总纳税企业所得税的相关规定。
三、跨省、自治区、直辖市和计划单列市二级以下分支机构或项目部不用就地预缴企业所得税。二级以下分支机构（包括项目部）不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。二级以下分支机构或项目部应当出具《外出经营活动税收管理证明》，未提供上述证明的，项目部所在地主管税务机关应督促其限期补办；不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。
四、同一省、自治区、直辖市和计划单列市设立的跨地（市、县）项目部或分支机构，其企业所得税的征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局共同制定。所以，建筑企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市设立的跨地（市、县）项目部或分支机构是否就地预缴以及如何预缴企业所得税，应视所在省、自治区、直辖市和计划单列市税务机关的具体规定。
