根据《国家税务总局关于企业合并、分立业务有关所得税问题的通知》（国税发[2000]119号），企业合并业务的所得税处理需要根据具体情况进行。
（1）在企业合并中，被合并企业通常被视为按公允价值转让其全部资产，并计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。被合并企业的以前年度亏损不得结转到合并企业弥补。合并企业接受被合并企业的有关资产时，计税成本可以按照评估确认的价值确定。被合并企业的股东取得合并企业的股权视为清算分配。如果合并企业和被合并企业为实现合并而向股东回购本公司股份，回购价格与发行价格之间的差额应作为股票转让所得或损失。
（2）在合并企业支付给被合并企业或其股东的收购价款中，除合并企业股权以外的现金、有价证券和其他资产（以下简称非股权支付额），不高于所支付的股权票面坐标（或支付的股本的账面价值）20%的情况下，经税务机关审核确认后，当事各方可以选择按以下规定进行所得税处理：①被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。被合并企业合并以前的全部企业所得税纳税事项由合并企业承担，以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。具体按下列公式计算：某一纳税年度可弥补被合并企业亏损的所得额=合并企业某一纳税年度未弥补亏损前的所得额×（被合并企业净资产公允价值÷合并后合并企业全部净资产公允价值）。②被合并企业的股东以其持有的原被合并企业的股权（以下简称旧股）交换合并企业的股权（以下简称新股），不视为出售旧股，按购买新股处理。被合并企业的股东换得新股的成本，须以其所持旧股的成本为基础确定。但未交换新股的被合并企业的股东取得的全部非股权支付额，应视为其持有的旧股的转让收入，按规定计算确认财产转让所得或损失，依法缴纳所得税。③合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。
（3）关联企业之间通过交换普通股实现企业合并的，必须符合独立企业之间公平交易的原则。否则，对企业应纳税所得造成影响的，税务机关有权进行调整。
（4）如被合并企业的资产与负债基本相等，即净资产几乎为零，合并企业以承担被合并企业全部债务的方式实现吸收合并，不视为被合并企业按公允价值转让、处置全部资产，不计算资产的转让所得。合并企业接受被合并企业全部资产的成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。被合并企业的股东视为无偿放弃所持有的旧股。
