在税务局进行审查后，如果发现需要补缴增值税，企业应设置“应交税费—增值税检查调整”科目。对于增值税检查中发现的补退税金问题，企业应根据税务部门出具的“增值税检查调账通知书”，逐笔进行调整，作为调整账户的依据。
1、补缴当年的增值税：
当企业需要补缴当年的增值税及滞纳金和罚款时，会计分录如下：
借：相关科目（根据补税原因而定）
贷：应交税费—增值税检查调整
随后，企业需要将“应交税费—增值税检查调整”转入“应交税费—未交增值税”：
借：应交税费—增值税检查调整
贷：应交税费—未交增值税
最后，企业需将“应交税费—未交增值税”转入“营业外支出”（滞纳金、罚款），并从银行存款中扣除：
借：应交税费—未交增值税
贷：营业外支出（滞纳金、罚款）
贷：银行存款
2、补交去年的增值税：
例如，小规模企业在税务自查过程中发现去年有一笔收入未入账，因此需要补缴增值税。会计分录为：
借：应收账款、现金等
贷：以前年度损益调整
同时，企业还需将这部分金额计入“应交税费—未交增值税”。
3、补交所得税：
假设企业在汇算清缴时发现有费用不正规，需补交所得税，与增值税无关。会计分录如下：
借：以前年度损益调整（所得税费用）
贷：应交税费—应交所得税
接着，企业需要将“应交税费—应交所得税”转入“营业外支出”（滞纳金、罚款），并从银行存款中扣除：
借：应交税费—应交所得税
贷：营业外支出（滞纳金、罚款）
最后，企业需要将“利润分配—未分配利润”转入“以前年度损益调整”。
根据上述分录，企业应对资产负债表年初数及利润表上年数进行调整。
