通过将高校的基建账与经费账进行合并，可以有效解决因预算管理体制和拨款渠道不同而导致的资金重复核算问题。这种合并方式使得原本分散在两套账务系统中的经济事项得以集中反映，避免了同一笔资金在不同账务中的重复计算。
（1）在净资产科目中新增“基建基金”科目，专门用于记录高校基本建设活动的资金流动。该科目的贷方登记增加的基本建设专用资金，包括财政拨款、国家财政部门发放的基本建设专款、上级主管部门提供的基建补助以及按计划转入的基本建设专用款。项目完工后，相关资金交付使用部门，此时会形成“基建基金”与“在建工程”之间的对冲，借记为“基建基金”，贷记为“在建工程”及其子科目如建筑安装工程投资等。
（2）在原有的事业会计资产类科目基础上增设一级科目“在建工程”，用以核算高校基本建设工程的实际成本，特别是涉及安装的设备价值。对于不需要安装或无形资产，则直接计入相应科目而非本科目下。“在建工程”下设二级科目如建筑安装工程投资、设备投资等，并进一步细分为三级科目如建筑工程、安装工程等。这些细分科目分别对应于基本建设期间的具体支出类型，如房屋建造费、人工费及材料费等。付款或领用材料时，借记相应科目；竣工决算后办理固定资产入账手续，同时调整“基建基金”与“在建工程”。年末未完成工程的成本体现在“在建工程”借方余额。
（3）支出类项目中取消“结转自筹基建”科目。
（4）收入类项目中新增“基本建设拨款”等科目，旨在监督财政给予高校基本建设的专项资金流向，期末将其转入“基建基金”。
