9%的税率是建筑行业一般纳税人的基本税率。而3%的征收率则适用于小规模纳税人和一般纳税人采用简易计税方法的情况。
不止是建筑业，其他行业的小规模纳税人大部分也采用3%的征收率。因此，这是一个普适性的规则。但对于建筑业的一般纳税人，在一些特殊情况下，也可能采用3%的征收率。这些情况就是一般纳税人的简易征收。
最典型的几个简易征收包括：以清包工方式提供的建筑服务；为甲供工程提供的建筑服务；为建筑工程老项目提供的建筑服务；以及建筑工程总承包单位为房屋建筑的地基与基础、主体结构提供工程服务，建设单位自行采购全部或部分钢材、混凝土、砌体材料、预制构件的。
企业需要注意的是，简易征收是针对每一个项目的。有的项目符合简易计税方法，可以选择简易计税；有的不符合，就要选择一般计税。但是，同一个施工项目不可以同时选择一般计税和简易计税。
在提供建筑服务时，往往还会涉及到一些辅助的服务，如工程设计、工程勘察勘探服务、工程监理等。这些服务要特别注意其所属于的类别。从2018年1月1日开始，纳税人开票时，商品和服务税收分类编码对应的简称会自动显示并打印在发票票面上。因此，要注意正确的匹配。
例如，工程设计属于现代服务中的文化创意服务；开发票时应该是：*设计服务*工程设计，适用现代服务的6%税率。又如，工程勘察勘探服务属于现代服务中的研发和技术服务；开发票时应该是：*研发和技术服务*工程勘察勘探；适用现代服务的6%税率。再如，工程造价鉴证属于现代服务中的鉴证咨询服务；开发票时应该是：*鉴证咨询服务*工程造价鉴证，也是适用于鉴证服务的6%税率。
因此，分清服务的类别就能知道是适用9%的税率还是6%的税率。此外，一旦选择了简易计税方法，原则上就36个月内不得变更了。
另外值得一提的是，小规模纳税人还有1%的征收率。《财政部 税务总局关于支持个体工商户复工复业增值税政策的公告》（财政部 税务总局公告2020年第13号）规定的税收优惠政策执行期限延长至2021年12月31日。
