专项应付款是指企业的专项资金对外发生的各种应付和暂收款项。政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产，但不包括政府作为企业所有者投入的资本。
1. 两者的性质有所不同，在专项应付款中核算的政府拨入资金属于所有者投入的资本，而政府补助准则所适用的是政府无偿给予的资产，这是两者的根本区别。专项应付款是国家以投资者身份向企业投入资本，享有企业相应的所有权，企业有义务向投资者分配利润，国家与企业之间是投资者与被投资者的关系。国家拨入的投资补助等专项拨款中，国家相关文件规定作为资本公积处理的，也属于资本性投入的性质。政府的资本性投入无论采用何种形式，均不属于政府补助。
2. 两者的形式有所不同。专项应付款是核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项用途的资金，一般均为收到的政府拨入的货币资金。而政府补助是企业从政府无偿取得的资金或非货币性资产，可以是以货币资金投入的财政拨款，也可以是政府无偿给予企业的长期非货币性资产，比如：先征后返、即征即退的税款行，政划拨的土地使用权、天然起源的天然林等，也可以包括政府贴息或其他实物资产的拨入等。
3. 专项应付款使用后形成资产，记入资本公积，影响企业的所有者权益。企业收到的政府补助则包括四种类型：与资产相关、与日常活动相关的除与资产相关的政府补助之外的政府补助、与销售商品提供服务等活动密切相关的政府补助、与日常活动无关的政府对非日常活动给予的救济补助等。在采用总额法对政府补助进行核算时，这四种类型的政府补助都将对企业的利润产生影响。这是两者在会计核算中的主要区别。
