在增值税发票综合服务平台上进行抵扣勾选的流程可以概括为以下几个步骤：
1. 首先，进入增值税发票综合服务平台的主界面，并选择“抵扣勾选”选项下的“发票抵扣勾选”功能。随后，将状态设定为“未勾选”，并根据个人需求输入相应的查询条件以发起搜索。
2. 当找到需要勾选的发票后，系统会将该发票的有效税额调整为可编辑模式。此时，系统显示的默认有效税额即为发票上的税额。用户有权对这一数值进行修改，但必须确保输入的新有效税额大于零且小于或等于发票上的原始税额。值得注意的是，一旦某张发票的有效税额被更新，那么这张发票剩余的部分（即原税额减去新有效税额后的金额）便不能再被勾选抵扣。
3. 完成所有选定发票的有效税额调整之后，点击界面上的“提交”按钮。这时会出现一个对话框要求您核对所选信息是否正确无误。确认无误后，请点击确定以完成整个勾选过程。
