根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十条的明确规定，任何销售商品、提供服务或从事其他经营活动的个人和单位，在对外进行经营业务并收取款项时，应当向付款方开具发票。然而，在某些特殊情况下，由付款方向收款方开具发票也是被允许的。这意味着，只有在销售商品、提供劳务等活动中取得了生产经营收入，并且这些行为是对外发生的经营业务时，才需要开具发票。对于总分公司而言，由于它们之间的交易并不属于对外的经营业务，因此不需要开具发票。在这种情况下，直接签订协议并进行入账处理即可。
当分公司与总公司之间签订协议并以此入账时，可以将分公司视为费用方，而将总公司视为收入方。这样，对于总分机构之间因总机构提供管理服务而产生的合理管理费，可以通过总分机构的自动汇总得到妥善解决，从而避免了企业所得税的缴纳。这种操作方式既符合法律法规的要求，又能够有效地简化财务管理流程，提高企业的运营效率。
