根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第二条的规定，“房地产开发企业在工程竣工验收后，依据合同约定，会扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款作为开发项目的质量保证金。在计算土地增值税时，如果建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具了发票，那么可以按照发票所载金额予以扣除；反之，如果没有开具发票，那么扣留的质保金不得计算扣除。”
因此，对于房地产开发企业而言，未支付的质量保证金如果没有取得发票，那么在土地增值税清算时是不能进行扣除的。
