在计算经营所得汇算清缴时，首先需要了解的是查账征收的经营所得与企业所得税的计算方式相似。这一过程可以分为三个主要步骤：
第一大步骤是计算出投资者从被投资单位分得的所得。这包括将单位的利润总额计算出来，然后进行纳税调整和调减。通过这种方式，可以确定出纳税调整后所得，并减去弥补以前年度亏损后的结果。
第二大步骤是用上述所得减去投资人减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及其他允许扣除的项目，如捐赠等。这样计算出的结果就是投资人经营所得的应纳税所得额。
第三大步骤则是用应纳税所得额计算出应纳税额，然后减去减免税额和已缴税额，以得出应补退税额。根据《个人所得税法实施条例》第十五条规定，取得经营所得的个人在计算每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。这些专项附加扣除将在办理汇算清缴时进行减除。
如果取得经营所得的个人还另外取得了综合所得，那么在计算第二大步中的投资人的减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除时，则不能再扣除。然而，对于捐赠支出来说，仍然可以选择在经营所得中扣除。
