软件企业确实可以办理退税业务。对于其增值税实际税负超过3%的部分，实行即征即退政策。
1、根据财税[2012]27号《关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》，
2、我国境内新办的集成电路设计企业和符合条件的软件企业，在经过认定后，从获利年度起计算优惠期。在2017年12月31日前，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税，并享受至期满为止。
3、国家规划布局内的重点软件企业和集成电路设计企业，如果当年未享受免税优惠，可减按10%的税率征收企业所得税。
4、符合条件的软件企业按照《财政部国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》(财税[2011]100号)规定取得的即征即退增值税，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
