根据国税函[2010]156号《关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》文件规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：
(一)总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳；
(二)总机构只设二级分支机构的，按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款；
(三)总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。
文件进一步规定：建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目部不进行汇算清缴。总机构年终汇算清缴后应纳所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。
