《中华人民共和国企业所得税法》第三十二条规定：企业通过综合利用资源，生产符合国家产业政策的产品所获得的收益，可以在计算应纳税所得额时进行减计。
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(国务院令第512号)规定：“第九十八条企业所得税法第三十二条所述的减计收入，是指企业使用《资源综合利用企业所得税优惠目录》中指定的资源作为主要原材料，制造出国家非限制和禁止且符合国家及行业标准的产品所获得收益，按90%的比例计入总收入。前款提到的原材料在产品材料中的比例必须达到《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的标准。”
依据《财政部国家税务总局关于执行资源综合利用企业所得税优惠目录有关问题的通知》(财税[2008]47号)的规定：“如果企业同时从事其他项目而取得的非资源综合利用收入，应当与资源综合利用收入分开核算。如果没有分开核算，则不得享受优惠政策。”
综上所述，根据这些文件的规定，对于资源综合利用的税收优惠，是基于符合目录的收入进行的减计，并非针对应纳税所得额的直接减免。因此，即使企业处于亏损状态，只要满足条件并且能够将这部分资源综合利用的收入与其他收入分开核算，仍然应该按照90%的比例来计算。
