一般纳税人在2016年5月1日后销售不动产时，其增值税的计算方法有所区别。首先，对于该日期之后取得的不动产，适用5%的征收率来计算缴纳增值税；而对于在此日期之前取得的不动产，则按照9%的标准进行计算和缴纳。相比之下，小规模纳税人不论何时取得的不动产，均需按照5%的比例来缴纳增值税。此外，基于已缴付的增值税金额，还需额外支付城市建设税及附加税费，并且根据销售合同中约定的金额来计算并缴纳印花税。
关于土地增值税方面，《土地增值税暂行条例》明确指出，任何转让房地产并因此获得收入的个人或单位都负有缴纳土地增值税的责任。这意味着，如果工厂决定出售其厂房，那么它就需要依据从转让中获得的实际收益减去相关扣除项后的增值额，按照超率累进税率的规定来申报并支付相应的土地增值税。
最后，在企业所得税方面，《企业所得税暂行条例》规定企业必须对其生产、经营活动以及其他形式的所得（包括但不限于财产转让所得）进行纳税申报。具体到本案例中，由于出售厂房所带来的收入属于税法定义下的“财产转让收入”，因此这部分收入应被纳入企业的总收入之中，并据此依法计算应缴纳的企业所得税额。
