在处理贸易公司开具的农产品普通发票抵扣问题时，需细致分析具体情况。根据财税〔2012〕75号文件的规定，《中国人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。从商贸企业获取的农产品销售发票按照上述政策进行执行。
首先，需要明确发票的来源和性质。如果发票是由小规模纳税人开具的，并且符合上述规定，那么该发票可以作为进项税额抵扣的依据。然而，如果发票是由一般纳税人开具的，或者不符合上述规定，则不能作为进项税额抵扣的依据。
其次，还需要考虑发票的开具时间和地点。根据税法规定，只有在同一纳税期内取得的发票才能用于抵扣进项税额。此外，发票的开具地点也需要与纳税人的经营地点相符。如果发票的开具地点与纳税人的经营地点不符，那么该发票也不能用于抵扣进项税额。
最后，还需要关注发票的真实性和合法性。纳税人应当对收到的发票进行核实，确保其真实性和合法性。如果发现发票存在虚假、伪造等情况，应及时向税务机关报告，并采取相应的措施进行处理。
