企业发票作废流程要求必须收集所有联次的纸质发票，并在这些发票上加盖“作废”字样。这一步骤确保了报税系统和纸质发票均完成了作废处理。对于已经加盖作废字样的纸质发票，不得私自销毁或丢失，而应妥善保管。企业可以选择单独存放这些发票，以备后续核查使用。
根据相关法规要求，发票管理需要建立完善的制度，包括设置台账并定期保存。已开具的发票存根联、发票登记簿及相关账册等资料应当保存5年。保存期满后，需报经税务机关查验，确认无误后方可销毁。
