银行承兑汇票的运用流程如下：
1、付款单位的出纳员在完成银行承兑汇票的填写后，必须仔细核对汇票内容与交易合同是否一致。确认无误后，需填写“银行承兑协议”及银行承兑汇票清单，并在“承兑申请人”栏目加盖单位公章。
通常，银行承兑协议会采用三联形式，其中一联由银行信贷部门保管，一联归银行会计部门所有，最后一联则由付款单位持有。该协议主要包含汇票的基本资料以及承兑申请人在银行承兑后应遵守的各项条款。待银行审核通过后，会在银行承兑协议上加盖银行的公章或合同章，同时在银行承兑汇票上盖专用章，并至少加盖一名经办人的私章。
2、支付手续费，根据“银行承兑协议”的规定，付款单位在办理承兑手续时需向银行支付手续费，这笔费用将从付款单位的存款账户中扣除。按照现行规定，银行承兑手续费按银行承兑汇票票面金额的0.05%计算收取，若每笔手续费不足10元，则按10元计收。
3、纸质银行承兑汇票的承兑期限最长为6个月，而电子银行承兑汇票的承兑期限最长可达1年。如果承兑申请人未能在银行承兑汇票到期时付款，将按规定收取逾期罚息。
