当企业需要对工程服务进行开票并补缴税款时，会计分录如下：
首先，记录应收账款或银行存款的增加：
借：应收账款/银行存款等
贷：主营业务收入
贷：应交税费-应交增值税-销项税额
接着，反映主营业务成本的变动：
借：主营业务成本
贷：工程施工
在缴纳相关税金时，具体操作为：
借：应交税费-未交增值税
借：应交税费-城建税
借：应交税费-教育费附加
借：应交税费-地方教育费附加
最后，完成税款支付：
贷：银行存款
